Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria có 9 ban ngành, hợp nhất trong 3 ngành chính:

• Khoa học tự nhiên, Toán học và Khoa học kỹ thuật
• Sinh học, Y học và Khoa học Nông nghiệp
• Khoa học Xã hội, Nhân văn và Nghệ thuật

Mỗi ngành có các phân viện khoa học, phòng thí nghiệm vv… độc lập.

Toán học

• Viện Toán học và Tin học
• Viện Cơ học
• Institute for Parallel Processing (Viện xử lý song song ?)
• Phòng thí nghiệm quốc gia Virus học máy tính

Vật lý học

• Viện nghiên cứu hạt nhân và Năng lượng hạt nhân
• Viện Vật lý chất rắn
• Viện Điện tử Lưu trữ 2015-09-15 tại Wayback Machine
• Viện Thiên văn học
• Đài Thiên văn quốc gia - Rozhen Lưu trữ 2009-07-08 tại Wayback Machine
• Đài thiên văn Belogradchik
• Phòng thí nghiệm trung ương năng lượng Mặt trời và các nguồn năng lượng mới
• Phòng thí nghiệm trung ương Vật lý ứng dụng - Plovdiv Lưu trữ 2012-07-17 tại Wayback Machine
• Phòng thí nghiệm trung ương vật liệu quang học và xử lý thông tin Lưu trữ 2005-05-18 tại Wayback Machine

Hóa học

• Viện Hóa học vô cơ và tổng quát
• Viện Hóa học hữu cơ với Trung tâm Hóa học thực vật
• Viện Hóa Sinh học
• Viện Xúc tác
• Viện Hệ thống Năng lượng và Điện Hóa học (trước đây là Phòng thí nghiệm trung ương các nguồn Năng lượng Điện Hóa học)
• Viện Khoa học kỹ thuật Hóa học Lưu trữ 2005-05-27 tại Wayback Machine
• Central Laboratory of Photoprocesses (Phòng thí nghiệm trung ương xử lý quang điện?)
• Viện Polyme

Sinh học

• Viện Sinh học phân tử
• Viện Di truyền học
• Viện Sinh lý học
• Viện Sinh lý học thực vật
• Viện Vi sinh vật học
• Viện Hình thái học thực nghiệm và Nhân loại học
• Viện Thực vật học
• Viện Động vật học Lưu trữ 2007-02-15 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu rừng
• Viện Bệnh lý học thực nghiệm và Ký sinh học Lưu trữ 2005-04-04 tại Wayback Machine
• Viện Sinh học và Miễn dịch học của Quá trình sinh sản
• Viện Lý sinh học
• Nhà bảo tàng quốc gia Lịch sử tự nhiên
• Phòng thí nghiệm trung ương Khoa học kỹ thuật Y sinh học
• Phòng thí nghiệm trung ương Sinh thái học tổng quát

Khoa học Trái Đất

• Viện Địa chất
• Viện Địa Vật lý
• Viện Khí tượng học và Thủy văn học quốc gia
• Phòng thí nghiệm trung ương Trắc địa học
• Phòng thí nghiệm trung ương Khoáng vật học và Tinh thể học
• Viện Đại dương học
• Viện Địa lý học Lưu trữ 2005-03-08 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu Không gian
• Phòng thí nghìệm trung ương các ảnh hưởng Mặt trời – Trái Đất Lưu trữ 2005-06-01 tại Wayback Machine
• Phòng thí nghiệm trung ương Cơ học địa chấn và Khoa học kỹ thuật Địa chấn Lưu trữ 2005-04-05 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu vấn đề Nước

Khoa học kỹ thuật

• Viện Khoa học kim loại
• Phòng thí nghiệm trung ương Cơ học Hóa-Lý Lưu trữ 2016-03-06 tại Wayback Machine
• Viện Máy tính và Hệ Truyền thông Lưu trữ 2015-06-21 tại Wayback Machine
• Viện Công nghệ Thông tin Lưu trữ 2015-08-03 tại Wayback Machine
• Viện Kiểm tra và nghiên cứu Hệ thống Lưu trữ 2005-03-08 tại Wayback Machine
• Phòng thí nghiệm trung ương Cơ điện tử và dụng cụ đo đạc Lưu trữ 2005-04-14 tại Wayback Machine
• Trung tâm Thủy động lực tàu thủy Bulgaria

Khoa học nhân văn

• Viện ngôn ngữ Bulgaria
• Viện Văn học
• Viện Lịch sử
• Viện nghiên cứu vùng Thraccia Lưu trữ 2003-06-09 tại Wayback Machine
• Viện Khảo cổ với Nhà bảo tàng Lưu trữ 2006-09-28 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu vùng Balkan[liên kết hỏng]
• Viện dân tộc học với Nhà bảo tàng Lưu trữ 2007-07-15 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu Nghệ thuật Lưu trữ 2008-02-14 tại Wayback Machine
• Viện nghiên cứu văn học dân gian Lưu trữ 2007-08-15 tại Wayback Machine
• Trung tâm nghiên cứu thánh Cyril và Methodius[liên kết hỏng][4]
• Trung tâm nghiên cứu khoa Kiến trúc[liên kết hỏng]

Khoa học xã hội

• Viện Xã hội học
• Viện nghiên cứu pháp lý
• Viện Kinh tế học
• Trung tâm nghiên cứu Khoa học và Lịch sử khoa học Lưu trữ 2009-11-20 tại Wayback Machine
• Viện Tâm lý học Lưu trữ 2009-02-09 tại Wayback Machine
• Viện Dân số học
• Viện nghiên cứu Triết học

Các đơn vị hỗ trợ và chuyên môn hóa

• Ban quản trị trung ương Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria
• Thư viện trung ương của Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria
• Phòng lưu trữ hồ sơ khoa học của Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria
• Nhà xuất bản "giáo sư Marin Drinov" của Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria
• Vườn bách thảo
• Trung tâm quốc gia khoa học Nano và Công nghệ Nano Lưu trữ 2005-04-03 tại Wayback Machine
• Trung tâm thông tin khoa học về Từ điển bách khoa Bulgaria Lưu trữ 2015-01-03 tại Wayback Machine
• Cơ quan công ích – xã hội Lưu trữ 2007-06-22 tại Wayback Machine
• Trung tâm nghiên cứu An ninh quốc gia
• Hiệp hội phát triển nghiên cứu và thực hiện "thiết bị đo đạc khoa học" Lưu trữ 2005-04-06 tại Wayback Machine
• Phòng thí nghiệm Tin học viễn thông (Telematics)
• Trung tâm phát triển sự nghiệp nghiên cứu tiến sĩ